Nato a Palermo nel 1962, ha iniziato a suonare il piano all'età di quattro anni. Dall'età di otto riceve lezioni di musica classica e nel 1973 si iscrive al Conservatorio di Palermo. Tra il 1974 e il 1978 partecipa alle trasmissioni televisive "Sapere: il jazz in Italia", "Chitarra e fagotto" e "Di jazz in jazz" dove suona con il proprio gruppo e con l'orchestra della RAI di Milano. Nel 1986 vince una borsa di studio per frequentare il Berklee College. Trasferitosi a Boston, Mass. comincia a collaborare stabilmente con Jerry Bergonzi con il quale compie due tournée in Australia e un seminario di jazz presso l'Università di Harvard (Cambridge, Mass.); contemporaneamente Bonafede fa parte dell'orchestra della Brandeis University esibendosi nel circuito universitario del New England. Nel 1989 si trasferisce a New York dove inizia l'attività di capogruppo nei vari jazz club della città; continua a lavorare anche come accompagnatore con la Vanguard Jazz Orchestra, Lew Tabackin e Dewey Redman. Nel 1990 incide per l'etichetta giapponese Ken Music il suo primo lavoro come capogruppo e compositore, "Actor-Actress", a capo di un quartetto con Joe Lovano, Cameron Brown e Adam Nussbaum. L'anno successivo, sempre per la stessa etichetta, una seconda registrazione lo vede impegnato con Marc Johnson e Paul Motian. Il 1992 vede Salvatore Bonafede impegnato in una tournée con Joe Lovano, Marc Johnson e Paul Motian, quindi suonare in Martinica con Eddie Henderson, e partecipare al Brooklyn Lager Festival, trasmesso dalla radio nazionale americana. Nel 1993 prosegue l'attività nei club di New York: lavora, tra gli altri, con Rufus Reid, Tom Harrell, Bill Goodwin e Joe Lovano, con il quale si esibisce in duo alla Town Hall. Trasferitosi in Italia Bonafede suona con Lester Bowie, Sheila Jordan, Norma Winstone, Billy Cobham, Tom Harrell, Charlie Mariano, Han Bennink, Bobby Watson, Lee Konitz e John Scofield (estate '95); successivamente compie una lunga tournée europea a fianco di Joe Lovano, partecipa allo spettacolo "Sinfonia dei due mondi" del regista Jérôme Savary e collabora come compositore per cinema e teatro (Biennale di Venezia, 2002) con i registi Daniele Ciprì e Franco Maresco. Viene riconosciuto quale miglior nuovo talento nell'ambito del referendum "Top Jazz" (1991) e premiato per il migliore disco dell'anno ("Premio Arrigo Polillo" 2001), indetti annualmente dalla rivista specializzata Musica Jazz. Attivo anche didatticamente (è docente al Conservatorio "A. Scontrino" di Trapani), Bonafede ha composto circa 350 brani dei quali 70 sono stati registrati; ha inoltre pubblicato circa 30 registrazioni di cui 7 a proprio nome.